Molecular signatures discriminating different types of rejection in human liver transplants
Die Daten stammen aus bulk RNA sequencing. Die Proben wurden von Mitarbeitern der Abteilung für Gastroenterologie, Hepatologie, Infektiologie und Endokrinologie der MHH entnommen und die RNA extrahiert. Die FFPE-konservierten Proben aus der Validierungskohorte (Hannover) wurden nach der Entnahme durch Mitarbeiter der oben genannten Abteilung im Institut für Pathologie der MHH gelagert. Die Proben aus der Validierungskohorte Barcelona wurden vor Ort gelagert und die RNA vor Ort extrahiert. Die Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung wurden für die Trainingskohorte am HZI Braunschweig (AG Geffers) und für die Validierungskohorten von BGI Global (Hongkong, China) durchgeführt. Zusätzlich zu den Rohdaten (fastq.gz-Dateien) werden count tables (.xls-Dateien) in das Repository hochgeladen.
The data comes from bulk RNA sequencing. The samples were acquired and RNA extracted by staff at the Department of Gastroenterology, Hepatology, Infectious Diseases, and Endocrinology at MHH. The FFPE-preserved samples from the Hannover validation cohort were stored at the Institute of Pathology at MHH after being obtained by staff at the above-mentioned department. The samples frm the Barcelona validation cohort were locally stored and RNA was extracted locally. Library preparation and sequencing were performed for the training cohort at the HZI Braunschweig (AG Geffers) and for the validation cohorts by BGI Global (Hong Kong, China). In addition to the raw data (fastq.gz files), count tables (.xls files) are uploaded to the repository.
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